胃腸外科は、食道から肛門にまで至る消化管全般の外科治療をいいます。
【部位別の対象疾患一覧】
| 部位 | 対象疾患の例 |
| 食道 | 食道癌・食道裂孔ヘルニア・アカラシア |
| 胃 | 胃癌・消化管間葉系腫瘍（GIST）・カルチノイド・胃潰瘍（主に穿孔、出血） |
| 十二指腸 | 十二指腸潰瘍（主に穿孔）・GIST・カルチノイド |
| 小腸 | 小腸腫瘍・クローン病 |
| 大腸 | 大腸癌・カルチノイド・炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎） |
| 肛門 | 内外痔核、痔瘻 |
また、癌や潰瘍などの穿孔による急性腹膜炎、腸閉塞、虫垂炎、憩室炎など緊急手術も数多いのが特徴です。
