消化器とは、食道、胃・十二指腸、小腸・大腸、肛門、肝臓、脾臓、胆道、膵臓に分けられます。また、食道胃外科、胃腸外科、肝胆膵外科はすべて「消化器外科」の診療科です。
| 食道 | 悪性疾患 | 食道がん |
| 良性疾患 | 逆流性食道炎（食道・胃逆流症GERD）、食道アカラシア、食道・胃静脈瘤 | |
| 救急疾患 | 食道破裂 | |
| 胆道 | 悪性疾患 | 胆のう癌、胆管がん、乳頭部がん |
| 良性疾患 | 胆石症（胆嚢結石症、総胆管結石症）、胆のうポリープ | |
| 救急疾患 | 胆石・胆のう炎・胆管炎 | |
| 膵臓 | 悪性疾患 | 膵がん（膵頭部がん、膵体尾部がん）、膵管内乳頭状粘液性腫瘍、粘液性嚢胞腫瘍、膵内分泌腫瘍 |
| 良性疾患 | 膵炎（慢性膵炎、急性膵炎）、膵嚢胞性疾患、膵内分泌腫瘍 | |
| 肝臓 | 悪性疾患 | 肝がん（肝細胞がん） |
| 胃 | 悪性疾患 | 胃がん、胃・十二指腸潰瘍、胃ポリープ |
| 救急疾患 | 胃・十二指腸潰瘍穿孔 | |
| 脾臓 | 良性疾患 | 脾機能亢進症、食道・胃静脈瘤 |
| 大腸 | 悪性疾患 | 大腸がん（結腸がん、直腸がん） |
| 良性疾患 | 炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎など）、大腸ポリープ | |
| 救急疾患 | 大腸憩室炎、小腸・大腸穿孔、腸閉塞（イレウス） | |
| その他 | 悪性疾患 | 消化管間質腫瘍（GIST）、悪性リンパ腫 |
| 良性疾患 | 痔核、痔ろう | |
| 救急疾患 | 虫垂炎 |
